沿山路攀緣或乘纜車可至三元宮。三元宮是云臺山區(qū)的主廟，也是花果山的主體建筑。
三元信仰源遠流長，早在1600年多年前東晉時代，干寶的《搜神記》上便載有東海人陳光蕊，生了三個兒子，得道升仙。分管天、地、水三界的記敘。明代蘇北魯南三元信仰非常興旺，萬歷十五年(1587年)淮安人謝淳破家擴建三元宮，奠定了三元宮建筑群的基礎。《西游記》的作者更是三元的堅定信仰者，書中說唐僧是東海陳光蕊的兒子，這廟里的三元也就是唐僧的骨肉兄弟了。近年三元宮易名海寧禪寺，改塑釋迦牟尼佛，三元圣像已移至東配殿。
大雄寶殿面前有兩棵千年銀杏，顯示著三元宮古老的歷史。抗日戰(zhàn)爭時三元宮遭受日寇飛機的狂轟濫炸，這兩棵樹雖然枝干斷裂遍體枯焦，但在勝利的春風吹拂下，又綻發(fā)新芽，結出了累累果實。三元宮近年經過多次修葺，已逐漸恢復原貌，只在東南部位的下方，保留下一塊當年的殘垣斷壁，作為歷史的見證。